Secuenciación de Sanger en el SARS-CoV-2

Técnica de detección rápida, permite establecer el origen de variantes, vigilancia epidemiológica, diseño de vacunas y tratamientos. Su proceso: 1. Extracción del ARN: Se aísla el ARN viral del SARS-CoV-2. 2. Transcripción inversa: Conversión en ADN complementario (cADN). 3. Amplificación por PCR: Generación de múltiples copias y etiquetación con fluoróforos. 4. Secuenciación: Se usa secuenciación de Sanger, se añaden bases de nucleótidos modificados en reacciones separadas. 5. Electroforesis: Los fragmentos de ADN se separan según su tamaño en un gel. 6. Lectura: Detección de los colores emitidos por las bases para determinar la secuencia de ADN del virus.

Tabla 1. Secuenciación de Sanger de los genes Spike del SARS-Cov-2. Se muestran el nombre del cebador, la secuencia, la longitud, la temperatura de hibridación (Tm) y la ubicación en todo el fragmento del genoma del SARS-CoV-2 que abarca el marco de lectura abierto (ORF) de la glicoproteína Spike. Obtenido de: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/irv.12892

Referencia bibliográfica:

1. Daniels RS, Harvey R, Ermetal B, Xiang Z, Galiano M, Adams L, et al. A Sanger sequencing protocol for SARS‐CoV‐2 S‐gene. Influenza and Other Respiratory Viruses [Internet]. 2021 [citado 23 de diciembre de 2023];15(6). Disponible en: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/irv.12892

Técnica de PCR en la Chlamydia trachomatis

Tema: Detección de Chlamydia trachomatis por qPCR en tiempo real

Objetivo: Detectar la Chlamydia trachomatis por medio de qPCR en tiempo real en los sacos conjuntivales en recién nacidos por parto normal.

Muestra: Hisopos uretrales o cervicales (cualquier sitio infectado), en este estudio fue de sacos conjuntivales de los recién nacidos.

Tipo de ácido nucleico: ADN de Chlamydia trachomatis.

Extracción: ADN a partir de la muestra para obtener material genético de la bacteria. Previo a la profilaxis ocular, se tomó una muestra de los sacos conjuntivales con un hisopo dacrón estéril y se colocó en un medio de transporte M4ART. Incluyó la lisis celular (rotura de células bacterianas para liberar el ADN), separación del ADN (del resto de componentes) y purificación (eliminación de contaminantes).

Genes a analizar: Los que codifican para proteínas de la membrana externa como outer membrana protein A (ompA) y genes que codifican para la subunidad beta de la RNA polimerasa (rpoB).

Tamaño de pares de bases: Se suelen amplificar segmentos alrededor de 100-400 pb, en este caso se amplificó un fragmento de 24 pb del plásmido críptico de Chlamydia.

Tipo de PCR: qPCR en tiempo real (Reacción en cadena polimerasa cuantitativa).

Pasos

1. Desnaturalización: 94°C por 1 minuto (comúnmente 95° durante 30 seg - 1 min)
2. Hibridación: 55°C por 1 minutos (comúnmente 50-60° durante 30 seg - 1 min)
3. Elongación: 72°C por 2 minutos (comúnmente 72° durante 30 seg - 1 min)

Número de ciclos: 35 ciclos de amplificación (por lo general son de 30 - 40 ciclos).

Tabla 1. Se muestra el grupo de edad materna de los neonatos con resultados positivos para Chlamydia trachomatis por qPCR, indica una mayor frecuencia en mujeres de 14 - 19 años con un 31.5% (6 neonatos). Información obtenida de: https://revistas.uta.edu.ec/erevista/index.php/enfi/article/view/911

Referencia bibliográfica: 

1. Felicita A, Torres N, Achig M. DETECCIÓN DE CHLAMYDIA TRACHOMATIS POR PCR EN TIEMPO REAL, EN RECIÉN NACIDOS EN EL HOSPITAL ISIDRO AYORA, QUITO-ECUADOR. Enfermería Investiga [Internet]. 6 de julio de 2020. [citado el 14 de diciembre de 2023];5(3). Disponible en: https://revistas.uta.edu.ec/erevista/index.php/enfi/article/view/911

Alteraciones de la epigenética en la esquizofrenia

Imagen 1. Información proporcionada por la IA - Chat GPT. Por autoria propia.

Estudios en reelina (RELN) muestran la metilación diferencial de ADN, este gen participa en la migración neuronal durante el desarrollo posnatal temprano. Además, existen cambios en las enzimas modificadoras de histonas, tales como como la reducción de expresión de HDAC2 y aumento de HDAC1 en la corteza prefrontal de los pacientes (1).

Imagen 2. El ADN se regula por marcas químicas (como la metilación), afectando cómo se empaqueta en el núcleo. Las histonas y enzimas como HDAC influyen en esto. Estas modificaciones controlan qué genes se activan o silencian, afectando la producción de proteínas y ARN no codificante. Recuperado de: https://www.mdpi.com/2073-4409/9/8/1837/htm

Referencia bibliográfica: 

1. Khavari B, Cairns MJ. Epigenomic Dysregulation in Schizophrenia: In Search of Disease Etiology and Biomarkers. Cells [Internet]. 2020 [citado el 7 de diciembre de 2023];9(8):1837. Disponible en: https://www.mdpi.com/2073-4409/9/8/1837/htm

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Alteraciones de la traducción en la enfermedad del Parkinson

Imagen 1. Información proporcionada por la IA - Chat GPT. Por autoria propia.

La acumulación de α-sinucleína forma cuerpos de Lewy causando degeneración neuronal. Se involucra en la liberación de neurotransmisores, afecta en la traducción, plegamiento y degradación de proteínas al existir mutaciones en A30P, A53T, E46K o duplicación/triplicación de locus (1). Además, la α-Syn provoca disfunción del sistema serotoninérgico desecadenando en depresión que ocurre al inicio de la EP (2). 

Imagen 2. Productos microbianos entran en contacto con mucosa nasal y neuronas entéricas, lo cual activa la agregación abundante de alfa-sinucleína (1 y 2). Este exceso de alfa-sinucleína viaja hacia el SNC a través del bulbo olfatorio y el nervio vago (3 y 4). Para finalizar, la alfa-sinucleína llega a la sustancia negra (5). Se cree que factores genéticos contribuyen a la EP (6). Recuperado de: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fneur.2017.00037/full

Referencias bibliográficas:

1. Rietdijk C, Pérez P, Garssen J, Van Wezel R, Kraneveld A. Exploring Braak’s Hypothesis of Parkinson’s Disease [Internet]. Frontiers. 2017 [citado el 30 de noviembre de 2023]. Disponible en: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fneur.2017.00037/full

2. Rio L, Alarcón D, Torres M, Cóppola V, Pavia R, Paz V, et al. Human α-synuclein overexpression in mouse serotonin neurons triggers a depressive-like phenotype. Rescue by oligonucleotide therapy. Translational Psychiatry [Internet]. 2022 [citado el 30 de noviembre de 2023];12(1). Disponible en: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35210396/